[デモのプログラムあり] 勾配ブースティングGradient Boosting、特に Gradient Boosting Decision Tree (GBDT), XGBoost, LightGBM
勾配ブースティングGradient Boosting、特に Gradient Boosting Decision Tree (GBDT), XGBoost, LightGBM について、パワーポイントの資料とその pdf ファイルを作成しま...
本音ベースの座談会。金子研の学生たちと就活や大学院進学について話し合ってみました
金子研の学生 3 人と、就活や大学院進学について座談会をしました。登場する 3 人は以下のとおりです。 M2 小島・・・学部生の頃に就活するも、気が変わって大学院に進学。M2の学生として就活中 M1 江尾・・・大学院に進学 社会人一年目 (...
RDKit をインストールできなかったり import できなかったりしたときの対処法まとめ (Anaconda ユーザー向け)
分子の化学構造を扱うためのソフトウェア RDKit を Python で利用するためのインストールについてです。こちらの Python プログラミングの課題でも 18 から 20 までは RDKit を活用した課題です。分子設計をするときは...
化学工学会 第84年会と日本化学会 第99春季年会で研究発表をしてきました
2019年3月13日から15日まで芝浦工業大学 豊洲キャンパスで開催された化学工学会 第84年会と、3月16日から19日まで甲南大学 岡本キャンパスで開催された日本化学会 第99春季年会で、学生と一緒に研究発表をしてまいりました。化工学会は...
目的変数が複数のときに実験計画法のベイズ最適化(Bayesian Optimization, BO)が対応！
実験計画法やベイズ最適化 (Bayesian Optimization, BO) についてはこちらに書いたとおりです。Python コードもあります。今回は実験計画法の BO について目的変数が複数のときに対応しましたので報告します。プログ...
どうしてデータ化学工学研究室(金子研究室)に共同研究の相談がたくさんくるのか？
2019年度も終わりに近づいていて、一年を振り返ってみたところ、今年度は 30 件くらいの共同研究の相談がありました。その中には実際に共同研究を進めている件や、契約書の調整をしている件も多くあります。いろいろと共同研究させていただけるのはと...
Structure Generator based on R-Group (SGRG) を使って何ができますか？
こちらにおいて、誘導体の化学構造を自動生成するプログラム Structure Generator based on R-Group (SGRG) の話をしました。今回は SGRG を活用してどんなことができるのか、について書いておきます。1...
回帰モデル・クラス分類モデルの検証 (バリデーション) について考えていること
分子設計・材料設計・プロセス設計・プロセス制御設計 (ソフトセンサーなど) といった、いろいろな研究をする中で、たくさんの回帰モデルやクラス分類モデルなどを構築したり、構築したモデルを使ったりしています。モデルを扱う中で最も重要なことの一つ...
誘導体の化学構造を自動生成するプログラムを作りました。ご自由にお使いください
研究の関係で、ある骨格の誘導体の化学構造を生成したいことがありまして、生成したあとはその化学構造の活性だったり物性だったりを推定するので、Python で構造生成機を作ってしまいました。Github にありますので、必要な方はご自由にお使い...
記述子の計算結果を保存する(データベース化する)ときの３つの注意点
化学構造から構造記述子やフィンガープリントなどを計算するときの話です。たとえば mol ファイルや sdf ファイルから、次のようなパッケージやソフトウェアを用いて記述子を計算できます。 RDKit Mordred PaDEL DRAGON...