分子の化学構造を扱うためのソフトウェア RDKit を Python で利用するためのインストールについてです。こちらの Python プログラミングの課題でも 18 から 20 までは RDKit を活用した課題です。

これであなたもデータサイエンティスト！？～Python入門のためのプログラミング課題と模範解答～(逐次更新)

データ化学工学研究室(金子研)では、新しく配属になった学生にいろいろなトレーニングをしています。その１つがPython言語のトレーニングです。化学構造を扱ったりデータ解析・機械学習をしたりするときに、Python言語を使うわけです。 Pyt...

分子設計をするときは RDKit が大活躍します。特に Python を利用するために Anaconda をインストールされた方は、RDKit をインストールするため、まずは Anaconda Prompt もしくは Miniforge3 Prompt (Windows) やターミナル (MacOS) を起動します。Windows の人は、スタートボタン → Anaconda3 (64-bit) (32-bit OS の方は Anaconda3) もしくはもしくは Miniforge3 → Anaconda Prompt もしくは Miniforge3 Prompt で起動できます。MacOS の人は、Launchpad → その他 → ターミナルで起動できます。

起動したら、そこに

conda install -y -c conda-forge rdkit

と入力して Enter キーで実行すると RDKit をインストールできます。

Anaconda のウェブサイトには、「conda install -c conda-forge rdkit」とあり、このコマンドですと途中で Proceed ([y]/n)? と聞かれます。「y」と入力して Enter キーを押してください。y オプションをつけることで、確認のプロセスを省略できます。

=== 注意ここから ===

以下でインストールすると、古いバージョンの RDKit がインストールされてしまい、Python のバージョンを 3.7 にしなければならないことがあります。

conda install -y -c rdkit rdkit

Python のバージョンを確認するには、上と同様に Anaconda Prompt もしくは Miniforge3 Prompt (Windows) やターミナル (MacOS) にて、

conda list

を実行しましょう。表示された中で、Python のバージョンを確認します。3.8 以上である場合は、仮想環境を準備して Python 3.7.9 をインストールするとよいでしょう。インストールが終わりましたら、再度 RDKit のインストールを試みてください。

=== 注意ここまで===

みなさん無事に RDKit をインストールできたり、RDKit を使いたいときに import できたりするとよいのですが、中には失敗する場合があります。講義で学生がやったり、セミナー等で参加者がやったりしたとき、インストールや import に失敗する事例を見たり、うまく対処することで無事にインストール・import できたりしましたので、そのあたりの対処法をまとめます。

まずはインストールに失敗したときです。

インターネットに接続しているか確認する

インターネットに接続していないとインストールできません。「CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED …」のようなエラーになります。インターネットに接続しましょう。

インターネットに接続していても同様のエラーが出るとき、こちらに書いてあるように、Anaconda Prompt (Windows) やターミナル (MacOS) にて、

conda config –set ssl_verify no

を実行しましょう。その後に、再度 RDKit のインストールを試みてください。

それでも同様のエラーが出るとき、企業の方に多いのですが、社内のセキュリティー環境に関係しているようです。こちらを参考にして、” 「.condarc」を作成してproxy設定を書く” とよいでしょう。その後、再度 RDKit のインストールを試みてください。

ユーザー名に日本語が入っていないか確認する

Windows 利用者でユーザー名に半角英数字記号以外の日本語等を使っている方は、インストールに失敗する可能性があります。まず、Anaconda をアンインストールしてください。次に、デフォルトのインストール先フォルダ (C:\Users\[ユーザー名]) にではなく、日本語を含まないフォルダ(例えば C:\python) を作成し、そこに Anaconda をインストールしましょう。