第46回構造活性相関シンポジウムへの参加と学生の口頭発表
大阪大学の銀杏会館にて2018年12月5日(水)・6日(木)で開催された第46回構造活性相関シンポジウムに参加し、金子研の B4 江尾知也＠修士に進学する期待の学生 が口頭発表してきました。発表資料は金子研オンラインサロンにて共有しています...
ケモインフォマティクス
サンプルが少ないときはどうするか？・・・うーん、仕方がないのでデータ分布を仮定してたくさんサンプリングしましょう！ (多変量の場合)
あまりたくさんの実験ができないとき、あまり多くの分析ができないとき、あまり繰り返しシミュレーションできないときのお話です。 今回は変数が複数 (多変量) のときです。ちなみに変数がひとつ (単変量) のときはこちらです。 多変量でも、データ...
サンプルが少ないときはどうするか？・・・うーん、仕方がないので幅で考えましょう！ (一変数・単変量で正規分布に従う場合)
あまりたくさんの実験ができないとき、あまり多くの分析ができないとき、あまり繰り返しシミュレーションできないときのお話です。 データ数が少ないため、偶然の要素を排除できません。今回は一変数のときに、"偶然の要素を排除できない" とはどういうこ...
テストデータ・バリデーションデータ(モデル検証用データ)におけるモデルの精度が低いときのポジティブな側面
回帰分析やクラス分類の話です。データセットがあるとき、まずモデル構築用データ (トレーニングデータ) とモデル検証用データ (テストデータ) に分けます。次にトレーニングデータで回帰モデル・クラス分類モデルを構築します。そして、モデル構築に...
ソフトセンサーの検討など時系列データを解析するとき用のモデルの評価指標 (改良版 r2) [金子研論文]
わたしもついに Beware of ... 系の論文を書いてしまいました。その名の通り、注意喚起する系の論文です。過去には他にこんなものがありました。 Beware of q2! Beware of R2: Simple, Unambigu...
部分的最小二乗回帰 (Partial Least Squares Regression, PLS) モデルの逆解析するときのちょっとしたメリット
回帰分析やクラス分類でモデルを作ったあと、多くの場合において、そのモデルを逆解析します。モデルの逆解析についてはこちらをご覧ください。 回帰モデルを構築するとき、部分的最小二乗回帰 (Partial Least Squares Regres...
Sparse Generative Topographic Mapping(SGTM): データの可視化とクラスタリングを一緒に実行する方法 [金子研論文]
今回は、Sparse Generative Topographic Mapping (SGTM) という、GTM のアルゴリズムを改良することで、データの可視化をすると同時に、クラスタリングも一緒に実行できる手法についてです。この手法を開発...
y-randomizationで過学習(オーバーフィッティング), Chance Correlation(偶然の相関)の危険度を評価！
回帰モデル・クラス分類モデルの評価 のなかで、yランダマイゼーション (y-randomization) についてです。y-scrambling と呼んだりもします。 やることは簡単で、目的変数 y の値をサンプル間でシャッフルして、回帰モ...
Generative Topographic Mapping(GTM)でデータの可視化・回帰分析・モデルの適用範囲・モデルの逆解析を一緒に実行する方法 [金子研論文]
今回は、Generative Topographic Mapping (GTM) でデータの可視化・回帰分析・モデルの適用範囲・モデルの逆解析を一緒に実行できる手法を開発し、QSPR 解析・QSAR 解析と分子設計を行った論文が、molec...
ランダムフォレスト(Random Forests, RF)や決定木(Decision Tree, DT)で構築したモデルを逆解析するときは気をつけよう！
回帰モデルやクラス分類モデルを構築したら、モデルの逆解析をすることがあります。逆解析では、説明変数 (記述子・特徴量・実験条件など) X の値から目的変数 (物性・活性など) y の値を推定するのではなく、逆に、y の値から X の値を推定...