ケモインフォマティクス

今回は外れサンプルを検出するお話です。外れ値ではなく外れサンプルです。外れ値は、他の値と (大きく) 離れた値のことであり、外れ値がデータ解析のときに悪影響を及ぼすことがあります。ただ、回帰分析のときには、大事なのは説明変数 X と目的変数...

共同研究・コンサルティングや技術相談のご検討をいただき、感謝申し上げます。一度 金子に会って相談したい、という方もいらっしゃると思います。とてもうれしいことです。ただ、とても多くの方から相談を受けていたり、その中で実際に共同研究・コンサルテ...

SVR (Support Vector Regression, サポートベクター回帰) で回帰モデルを構築したことのある方は、下の図のように、実測値 vs. 推定値プロットにおいて、対角線から一定に離れたところにサンプルが固まっている、つま...

データセットがあると、データセットの可視化・クラスタリング・クラス分類・回帰分析などができるようになったり、モデルの適用範囲を設定したり、実験計画法により実験候補を選択できます。こちらにいろいろな手法の説明があります。 ただ、どの手法を使う...

勾配ブースティングGradient Boosting、特に Gradient Boosting Decision Tree (GBDT), XGBoost, LightGBM について、パワーポイントの資料とその pdf ファイルを作成しま...

分子の化学構造を扱うためのソフトウェア RDKit を Python で利用するためのインストールについてです。こちらの Python プログラミングの課題でも 18 から 20 までは RDKit を活用した課題です。 分子設計をするとき...

実験計画法やベイズ最適化 (Bayesian Optimization, BO) についてはこちらに書いたとおりです。Python コードもあります。 今回は実験計画法の BO について目的変数が複数のときに対応しましたので報告します。プロ...

こちらにおいて、 誘導体の化学構造を自動生成するプログラム Structure Generator based on R-Group (SGRG) の話をしました。 今回は SGRG を活用してどんなことができるのか、について書いておきます...

分子設計・材料設計・プロセス設計・プロセス制御設計 (ソフトセンサーなど) といった、いろいろな研究をする中で、たくさんの回帰モデルやクラス分類モデルなどを構築したり、構築したモデルを使ったりしています。モデルを扱う中で最も重要なことの一つ...

研究の関係で、ある骨格の誘導体の化学構造を生成したいことがありまして、生成したあとはその化学構造の活性だったり物性だったりを推定するので、Python で構造生成機を作ってしまいました。Github にありますので、必要な方はご自由にお使い...